Thanh toán hợp đồng khi giảm khối lượng thi công

Cơ quan tôi có một gói thầu lát gạch vỉa hè, khối lượng dự toán là lát gạch 5.000m², trị giá khoảng 2 tỷ đồng, kế hoạch đấu thầu phê duyệt thực hiện chào hàng cạnh tranh lựa chọn nhà thầu áp dụng hợp đồng trọn gói, với giá trị 1,9 tỷ đồng. Khi thi công, vì lý do một phần vỉa hè còn vướng đền bù đất không thực hiện được, nhà thầu không thể thi công trọn vẹn hợp đồng trọn gói nên thống nhất ngưng thanh toán tại thời điểm này, đến khi làm hồ sơ nghiệm thu thanh toán mới phát hiện ra khối lượng lát gạch theo dự toán (5.000m²) là diện tích vỉa hè chưa trừ phần bồn cây 200m² (nghĩa là phần lát gạch thực tế toàn bộ chỉ là 4.800m²). Khối lượng vỉa hè nhà thầu đã làm là 2.500m², diện tích lát gạch thực tế thi công là 2.400m² (trừ 100m² bồn cây). Vậy, tôi xin hỏi, nếu nhà thầu không bị vướng đền bù đất mà vẫn thi công hết hợp đồng, thì thanh toán nhà thầu đủ 2 tỷ đồng (mặc dù diện tích lát gạch thực tế chỉ là 4.800m² không phải 5.000m² theo dự toán mời thầu) là đúng theo tính chất hợp đồng trọn gói?

Theo quan điểm thanh toán theo tỷ lệ %, nhà thầu lấy diện tích đã lát gạch thực tế chia cho diện tích phải lát theo thực tế: (2.400m²/4.800m²) x 2 tỷ đồng (giá trị hợp đồng) = 1 tỷ đồng có đúng hay không? Quan điểm của kế toán công ty tôi là lấy diện tích đã lát gạch thực tế chia cho diện tích phải lát theo mời thầu: (2.400m²/5.000m²) x 2 tỷ đồng (giá trị hợp đồng) = 960 triệu đồng có đúng hay không? Vì tôi thấy nếu làm vậy không đúng quan điểm hợp đồng trọn gói. Nếu điều chỉnh giá hợp đồng theo Thông tư số 07/2016/TT-BXD (hợp đồng có bảng đơn giá kèm theo), vậy tính phần giảm trừ hợp đồng bằng cách nào đúng: Lấy khối lượng lát gạch thực tế còn phải làm (4.800m² – 2.400m²) x đơn giá lát gạch hay lấy khối lượng lát gạch còn phải làm theo dự toán mời thầu (5.000m² – 2.400m²) x đơn giá lát gạch?